1961年イギリスから人種差別に対する非難を受け英連邦から脱退し、、立憲君主制に代えて共和制を採用して国名を「南アフリカ共和国」に変更した。一方で、日本人は白人ではないにも関わらず白人であるかのように扱われる名誉白人として認められ、日本は南アフリカ政府や南アフリカ企業と深いつながりを持つことになる。また、世界的に脱植民地化時代に突入していたのにも拘らず、露骨な人種主義政策を採り続けたために、域内のアフリカの新興独立国から国際的に孤立したため、同様に孤立していた台湾やイスラエルとの結び付きを深めた。
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1980年代、反体制運動は激しくなり、国際的に経済制裁を受け、南アフリカ各地で反アパルトヘイト運動が高まる。1990年代になってようやくアパルトヘイト関連法の廃止、人種差別の法律の全廃を決定する。
1970年代から1980年代にかけて6発の核兵器を密かに製造・配備をしていたが、核拡散防止条約加盟前に全て破棄していたことを1993年に発表した。
1994年4月に、全人種参加の総選挙が実施されアフリカ民族会議（ANC）が勝利。ネルソン・マンデラ議長が大統領に就任した。副大統領に、ANCのターボ・ムベキと国民党党首のデクラーク元大統領が就任。イギリス連邦と国連に復帰。新しい憲法を作るための制憲議会が始まる。1996年に新憲法を採択。国民党は政権から離脱した。